「うちの会社は36協定を結んでいるから、残業は問題ない」——多くの企業でこのように理解されていますが、36協定の中身を正確に把握している方は意外と少ないのではないでしょうか。36協定は、単に「締結すればよい」というものではなく、締結の手続き、届出、そして届出後に守るべき上限時間まで、労働基準法によって細かくルールが定められています。
本記事では、社会保険労務士の立場から、36協定の基本的な仕組みから、時間外労働の上限規制、特別条項、罰則、2024年4月から本格適用となった建設業・自動車運転の業務・医師等の取扱いまで、法令・行政通達・厚生労働省の公表資料に基づいて解説します。実務担当者の方はもちろん、労働者として自社の残業ルールを確認したい方にも参考にしていただける内容です。
1. 36協定とは何か
1-1. 法定労働時間と36協定の関係
労働基準法第32条では、使用者は労働者に、休憩時間を除き1週間について40時間、1日について8時間を超えて労働させてはならないと定められています（法定労働時間）。この法定労働時間を超えて労働させたり、法定休日（週1日または4週4日の休日）に労働させたりする場合、使用者は原則として労働基準法違反となります。
しかし、企業活動においては繁忙期の対応など、法定労働時間を超えて働いてもらう必要が生じる場面があります。そこで労働基準法第36条は、事業場の労働者代表と使用者が書面による協定を締結し、これを所轄の労働基準監督署長に届け出た場合に限り、その協定で定めた範囲内で時間外労働・休日労働をさせることを認めています。この労働基準法第36条に基づく労使協定が、条文の番号にちなんで「36（サブロク）協定」と呼ばれているものです。
労働基準法第36条第1項は、要旨として「使用者は、労働者の過半数で組織する労働組合（ない場合は労働者の過半数を代表する者）との書面による協定をし、これを行政官庁（労働基準監督署長）に届け出た場合においては、その協定の定めるところによって労働時間を延長し、又は休日に労働させることができる」と規定しています（労働基準法第36条第1項。e-Gov法令検索「労働基準法」参照）。
1-2. 36協定はあくまで「免罰効果」にとどまる
ここで重要なのは、36協定を締結・届出したこと自体が、時間外労働・休日労働を義務付けたり正当化したりするものではないという点です。36協定は、本来であれば労働基準法違反となる時間外労働・休日労働について、刑事罰を科されないようにする効果（免罰的効果）を持つに過ぎません。実際に労働者に時間外労働を命じるためには、就業規則や労働契約において、時間外労働を命じることができる旨の根拠規定が別途必要とされています。
2. 36協定の締結当事者と届出
2-1. 労働者代表の選出方法
36協定は、事業場に労働者の過半数で組織する労働組合がある場合はその労働組合、ない場合は労働者の過半数を代表する者との間で締結します。過半数代表者は、投票、挙手、労働者間の話し合い、持ち回り決議など、民主的な手続きにより選出される必要があり、使用者が特定の労働者を指名する方法や、親睦会の代表者が自動的に労働者代表になるような方法は認められません（労働基準法施行規則第6条の2）。選出方法に不備があると、締結された36協定自体が無効と判断されるおそれがあるため、注意が必要です。
2-2. 届出先と効力発生時期
36協定は、締結しただけでは効力が生じません。所定の様式に必要事項を記載し、事業場を管轄する労働基準監督署長に届け出て、受理されることによって初めて効力が発生します。届出方法は、労働基準監督署窓口への持参、郵送のほか、e-Gov（電子政府の総合窓口）を利用した電子申請でも可能です。届出用紙は、一般条項用の様式第9号、特別条項付きの場合の様式第9号の2など、用途に応じて複数の様式が用意されています（東京労働局「時間外・休日労働に関する協定届（36協定届）」参照）。
なお、2021年4月から36協定届の様式が改正され、届出書への使用者・労働者代表の押印・署名が原則不要となった一方、労働者代表の選出方法が法令の要件を満たしていることを確認するチェックボックスが新設されています。
2-3. 36協定の有効期間
36協定で定める対象期間は1年間に限られるため、実務上、有効期間は1年とし、毎年見直しと再締結・再届出を行う運用が一般的です。有効期間が満了した状態で時間外労働・休日労働をさせた場合、36協定が存在しない状態と同様に扱われ、法違反となる可能性があります。
3. 時間外労働の上限規制（原則）
働き方改革を推進するための関係法律の整備に関する法律による労働基準法改正（2019年4月1日施行、中小企業は2020年4月1日施行）により、それまで行政指導による基準にとどまっていた時間外労働の上限が、罰則付きの法律上の規制として明文化されました。
36協定で定めることができる時間外労働の限度時間は、原則として月45時間・年360時間です（労働基準法第36条第3項・第4項）。この限度時間を超える時間外労働は、後述する「特別条項」を定めない限り、36協定によっても認めることができません（厚生労働省・都道府県労働局・労働基準監督署「時間外労働の上限規制 わかりやすい解説」参照）。
4. 特別条項付き36協定とは
4-1. 特別条項の位置づけ
通常予見できない業務量の大幅な増加など、臨時的に限度時間を超えて労働させる必要がある場合に備え、36協定に「特別条項」を定めることができます。特別条項は、あくまで「臨時的なもの」として位置づけられており、恒常的な長時間労働を許容する趣旨のものではありません（厚生労働省告示第323号「労働基準法第36条第1項の協定で定める労働時間の延長及び休日の労働について留意すべき事項等に関する指針」参照）。
4-2. 特別条項を定めた場合でも超えてはならない上限
特別条項付き36協定を締結した場合であっても、労働基準法第36条第5項・第6項により、以下のすべての上限を満たす必要があります。
- 時間外労働は年720時間以内であること
- 時間外労働と休日労働の合計が単月100時間未満であること
- 時間外労働と休日労働の合計について、2か月平均・3か月平均・4か月平均・5か月平均・6か月平均のすべてが80時間以内であること
- 月45時間を超えることができるのは、1年について6か月まで（原則である月45時間・年360時間を超える回数は年6回が限度）
これらの要件は、36協定の締結時点だけでなく、実際の労働時間の実績についても満たされていなければなりません。36協定届の様式にも、これらの要件を確認するチェック欄が設けられています（労働基準法第36条第6項第2号・第3号）。
5. 上限規制の適用が除外・猶予されていた業務
5-1. 適用除外となる業務
新技術・新商品等の研究開発業務については、その性質上、上限規制になじまないとされ、時間外労働の上限規制の適用対象から除外されています。ただし、この業務であっても、1週間当たり40時間を超える時間外労働が月100時間を超えた労働者に対しては、医師による面接指導を行うことが労働安全衛生法上義務付けられています（労働安全衛生法第66条の8の4、労働安全衛生規則関係規定）。
また、坑内労働その他健康上特に有害な業務については、1日の時間外労働は2時間を超えてはならないとする従来からの制限が維持されています（労働基準法第36条第6項第1号、労働基準法施行規則第18条）。
5-2. 2024年4月から本格適用となった事業・業務
建設事業、自動車運転の業務（トラック・バス・タクシー等のドライバー）、医師、鹿児島県及び沖縄県における砂糖製造業については、業務の特殊性を踏まえ、上限規制の適用が2024年3月31日まで猶予・一部除外されていました。改正法の施行から5年間の猶予期間を経て、2024年4月1日以降は、それぞれ以下のとおり規制が適用されています（厚生労働省「建設業・ドライバー・医師等の時間外労働の上限規制」参照）。
- 建設事業：災害時における復旧・復興の事業を除き、原則どおりの上限規制（年720時間、単月100時間未満、複数月平均80時間以内等）が適用されます。災害時の復旧・復興の事業については、単月100時間未満・複数月平均80時間以内の要件は適用されません。
- 自動車運転の業務：時間外労働の上限は年960時間とされ、単月100時間未満・複数月平均80時間以内の規制は適用されません（自動車運転者の労働時間等の改善のための基準に関する告示による特例あり）。
- 医師：医療機関の類型に応じた上限時間が省令等で定められ、医療界の議論を踏まえた特例的な枠組みのもとで運用されています。
- 鹿児島県及び沖縄県における砂糖製造業：単月100時間未満・複数月平均80時間以内の規制は適用されません。
これらの業種・業務に該当する事業場では、一般則とは異なるルールが適用されるため、36協定の締結にあたって個別の確認が不可欠です。
6. 36協定を締結・届出しない場合、上限を超えた場合の罰則
36協定を締結・届出しないまま、法定労働時間を超える時間外労働や法定休日労働をさせた場合、また36協定で定めた範囲を超えて労働させた場合、労働基準法第32条・第35条・第36条違反として、6か月以下の拘禁刑又は30万円以下の罰金に処される可能性があります（労働基準法第119条第1号）。
なお、この罰則は従来「懲役」として規定されていましたが、刑法等の一部を改正する法律による拘禁刑の創設に伴い、2025年6月1日から「拘禁刑」に呼称が改められています。
さらに、特別条項付き36協定を締結している場合であっても、実際の時間外労働・休日労働が、単月100時間以上となった場合や、2〜6か月平均のいずれかで80時間を超えた場合には、36協定で定めた時間数の範囲内であるかどうかにかかわらず、労働基準法第36条第6項違反として同様の罰則の対象となります。
罰則は法人そのものだけでなく、労務管理の実質的な責任者である事業主・管理監督者個人に科される可能性がある点にも留意が必要です（労働基準法第121条の両罰規定）。
7. 「留意すべき事項に関する指針」が求めること
厚生労働省は、36協定の適正な運用を図るため、平成30年9月7日厚生労働省告示第323号「時間外労働及び休日の労働について留意すべき事項等に関する指針」を定めています。この指針では、時間外労働・休日労働は必要最小限にとどめるべきこと、使用者は36協定の範囲内であっても労働者に対する安全配慮義務を負うこと、特別条項を適用する場合には健康福祉確保措置（医師による面接指導、代替休暇の付与、深夜業の回数制限、連続休息時間の確保等）を協定に定めることなどが示されています。
8. 36協定の適用対象となる労働者
36協定に基づく上限規制は、正社員に限らず、契約社員、パートタイマー、アルバイトなど、事業場で働くすべての労働者に等しく適用されます。事業場ごとに、雇用形態を問わずすべての労働者の労働時間を客観的に把握・管理することが、コンプライアンスの出発点となります。なお、年少者（満18歳未満の者）については、労働基準法第60条により、原則として時間外労働・休日労働をさせることができない点にも注意が必要です。
9. まとめ｜適正な36協定の締結・運用のために
36協定は、企業が労働者に時間外労働・休日労働を命じるための大前提となる重要な労使協定です。しかし、締結・届出さえすればどれだけ残業をさせてもよいというものではなく、原則である月45時間・年360時間、特別条項を用いた場合でも年720時間・単月100時間未満・複数月平均80時間以内・月45時間超は年6回までという上限を、実際の労働時間の実績としても遵守する必要があります。
また、建設業・自動車運転の業務・医師等については2024年4月から本格的に上限規制が適用されており、業種ごとの特例内容を正確に理解しておくことが求められます。36協定の締結手続きや上限管理、特別条項の設計は専門的な判断を要する場面が少なくありません。自社の36協定が現行法令に適合しているか不安がある場合は、所轄の労働基準監督署や、社会保険労務士など労務管理の専門家に相談することをおすすめします。
本記事は、2026年8月時点で公表されている法令・行政資料に基づき一般的な情報を整理したものであり、個別の事案に対する法的助言を行うものではありません。実際の労務管理にあたっては、最新の法令・通達をご確認のうえ、顧問社会保険労務士等の専門家にご相談ください。
参考文献・出典
- 厚生労働省・都道府県労働局・労働基準監督署「時間外労働の上限規制 わかりやすい解説」 https://hatarakikatakaikaku.mhlw.go.jp/overtime.html
- 厚生労働省「建設業・ドライバー・医師等の時間外労働の上限規制」 https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/gyosyu/topics/01.html
- 厚生労働省「『働き方改革』の実現に向けて－政省令告示・通達」（36協定に関する指針・様式等を掲載） https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000148322_00001.html
- 厚生労働省「時間外労働の限度に関する基準」 https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/koyou_roudou/roudoukijun/roudouzikan/040324-4.html
- 厚生労働省「スタートアップ労働条件」36協定に関する解説ページ https://www.startup-roudou.mhlw.go.jp/36_pact.html
- 東京労働局「時間外・休日労働に関する協定届（36協定届）」様式・記載例 https://jsite.mhlw.go.jp/tokyo-roudoukyoku/hourei_seido_tetsuzuki/roudoukijun_keiyaku/36_kyoutei.html
- e-Gov法令検索「労働基準法」（昭和22年法律第49号）第32条、第36条、第60条、第119条、第121条 https://laws.e-gov.go.jp/law/322AC0000000049